2016年2月1日科技部、財政部、國家稅務(wù)總局聯(lián)合頒布《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法》（國科發(fā)火〔2016〕32號），2016年6月29日頒布《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作指引》（國科發(fā)火〔2016〕195號），2016年是實行新認(rèn)定辦法的第一年，在緊張的申報期限和對申報資料的摸索中，2016年度高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定工作已全面結(jié)束，從目前科技、稅務(wù)及財政部門前期審查工作來看，今年的高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定工作存在以下7大問題：
1、高新技術(shù)企業(yè)取消復(fù)審，加強(qiáng)年度企業(yè)狀況審核
2016年6月29日頒布《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作指引》，在通知中明確：原《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作指引》（國科發(fā)火〔2008〕362號）、《關(guān)于高新技術(shù)企業(yè)更名和復(fù)審等有關(guān)事項的通知》（國科火字〔2011〕123號）同時廢止。《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法》（國科發(fā)火〔2016〕32號）第九條：通過認(rèn)定的高新技術(shù)企業(yè)，其資格自頒發(fā)證書之日起有效期為三年。2016年以后申請的高新技術(shù)企業(yè)有效期為三年，在三年內(nèi)滿足高新技術(shù)企業(yè)申報要求可享受稅收優(yōu)惠，應(yīng)每年5月底前在“高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作網(wǎng)”填報上一年度知識產(chǎn)權(quán)、科技人員、研發(fā)費用、經(jīng)營收入等年度發(fā)展情況報表。
2、財政部門加強(qiáng)了對審計中介機(jī)構(gòu)的審核力度
《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作指引》（國科發(fā)火〔2016〕195號）中明確規(guī)定：中介機(jī)構(gòu)要具備獨立執(zhí)業(yè)資格，成立三年以上，近三年內(nèi)無不良記錄；承擔(dān)認(rèn)定工作當(dāng)年的注冊會計師或稅務(wù)師人數(shù)占職工全年月平均人數(shù)的比例不低于30%，全年月平均在職職工人數(shù)在20人以上。
該項審核工作由各地區(qū)的財政部門負(fù)責(zé)，財政部門在審核過程中各地區(qū)要求也不盡相同，例如部分地區(qū)需要提供中介機(jī)構(gòu)當(dāng)年的社保清單，退休注冊會計師提供退休證書，審核嚴(yán)格的地方還需要進(jìn)入國家注冊會計師網(wǎng)站系統(tǒng)進(jìn)行數(shù)據(jù)審核，并提供注協(xié)開具的事務(wù)所無違章情況說明，但因江蘇省注冊會計師協(xié)會發(fā)布文件（蘇會協(xié)[2016]11號）明確規(guī)定：申請開具有關(guān)事務(wù)所和個人的懲處情況、收入情況、人員情況等證明時，省市注冊會計師協(xié)會原則上不再出具相關(guān)證明。
3、稅務(wù)部門加強(qiáng)對企業(yè)財務(wù)核算和加計扣除審核情況
2015年11月2日，財政部、國家稅務(wù)總局、科學(xué)技術(shù)部聯(lián)合發(fā)出《關(guān)于完善研究開發(fā)費用稅前加計扣除政策的通知》（財稅〔2015〕119號）要求企業(yè)應(yīng)按照國家財務(wù)會計制度要求，對研發(fā)支出進(jìn)行會計處理；同時，對享受加計扣除的研發(fā)費用在研發(fā)項目立項時應(yīng)設(shè)置研發(fā)支出輔助賬，準(zhǔn)確歸集核算當(dāng)年可加計扣除的各項研發(fā)費用實際發(fā)生額，研發(fā)支出輔助賬由企業(yè)留存?zhèn)洳椤！陡咝录夹g(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作指引》（國科發(fā)火〔2016〕195號）中明確規(guī)定：企業(yè)應(yīng)按照“企業(yè)年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細(xì)表”設(shè)置高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專用研究開發(fā)費用輔助核算賬目，提供相關(guān)憑證及明細(xì)表，并按本《工作指引》要求進(jìn)行核算。在此項規(guī)定要求企業(yè)財務(wù)核算清晰，要求有憑有據(jù)，并在稅務(wù)部門檢查時，重點檢查企業(yè)研發(fā)費用加計扣除情況，部門企業(yè)因準(zhǔn)備倉促，申報當(dāng)年再去規(guī)劃調(diào)整研發(fā)項目和經(jīng)費，造成部分年份未能進(jìn)行加計扣除，此項稅務(wù)都要求做出合理解釋。
稅務(wù)部門不光要求研發(fā)費用賬內(nèi)核算規(guī)范，還需要企業(yè)提供輔助核算明細(xì)賬作為檢查依據(jù)，還包括研發(fā)費用是否達(dá)到比例要求、科技人員占比、高新技術(shù)產(chǎn)品（技術(shù)服務(wù)）收入確認(rèn)等項目審核。
4、企業(yè)知識產(chǎn)權(quán)情況
高新技術(shù)企業(yè)將知識產(chǎn)權(quán)進(jìn)行了分類打分，將發(fā)明專利、植物新品種、農(nóng)作物品種、新藥、中藥保護(hù)品種、集成電路等劃為Ⅰ類；實用新型、外觀設(shè)計、軟件著作權(quán)等（不含商標(biāo)）劃為Ⅱ類，且Ⅱ類知識產(chǎn)權(quán)僅限使用一次。在知識產(chǎn)權(quán)評分中Ⅰ類分?jǐn)?shù)占比較大，還考察專利技術(shù)的先進(jìn)性，對主要產(chǎn)品（服務(wù)）在技術(shù)上發(fā)揮核心支持作用，數(shù)量，獲得方式。
5、企業(yè)科技成果轉(zhuǎn)化情況
新的工作指引對科技成果轉(zhuǎn)化形式做了新的要求，不再是以前光看數(shù)量就能拿分，成果轉(zhuǎn)化形式包括：自行投資轉(zhuǎn)化；轉(zhuǎn)讓技術(shù)成果；許可使用科技成果；共同實施轉(zhuǎn)化；作價投資、折算股份或者出資比例等形式。
企業(yè)要通過編制成果轉(zhuǎn)化匯總表及成果逐項說明將企業(yè)科技成果展現(xiàn)在技術(shù)專家面前，在此項過程中一定要將成果的核心描寫出來，還要將成果與產(chǎn)品的關(guān)聯(lián)性描述清楚。
6、企業(yè)研發(fā)組織管理水平情況
新的工作指引將研發(fā)組織管理更加精細(xì)化，強(qiáng)調(diào)實質(zhì)大于形式，以多種激勵方式促進(jìn)企業(yè)研發(fā)管理規(guī)范。
（1）制定了企業(yè)研究開發(fā)的組織管理制度，建立了研發(fā)投入核算體系，編制了研發(fā)費用輔助賬；
（2）設(shè)立了內(nèi)部科學(xué)技術(shù)研究開發(fā)機(jī)構(gòu)并具備相應(yīng)的科研條件，與國內(nèi)外研究開發(fā)機(jī)構(gòu)開展多種形式產(chǎn)學(xué)研合作；
（3）建立了科技成果轉(zhuǎn)化的組織實施與激勵獎勵制度，建立開放式的創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)平臺；
（4）建立了科技人員的培養(yǎng)進(jìn)修、職工技能培訓(xùn)、優(yōu)秀人才引進(jìn)，以及人才績效評價獎勵制度。
7、企業(yè)財務(wù)增長情況
新的工作指引要求在評審中加入財務(wù)專家，主要對企業(yè)凈資產(chǎn)增長率、銷售收入增長率進(jìn)行綜合評價，但在高企申報書中明確填列近三年企業(yè)利潤總額，在評審過程中，企業(yè)是否盈利也會成為評審的一個關(guān)鍵點，另外財務(wù)數(shù)據(jù)是否與企業(yè)納稅一致，該項變化極大影響了企業(yè)的評分。
來源：高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定資訊
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