2016年2月1日科技部、財政部、國家稅務總局聯合頒布《高新技術企業認定管理辦法》（國科發火〔2016〕32號），2016年6月29日頒布《高新技術企業認定管理工作指引》（國科發火〔2016〕195號），2016年是實行新認定辦法的第一年，在緊張的申報期限和對申報資料的摸索中，2016年度高新技術企業認定工作已全面結束，從目前科技、稅務及財政部門前期審查工作來看，今年的高新技術企業認定工作存在以下7大問題：
1、高新技術企業取消復審，加強年度企業狀況審核
2016年6月29日頒布《高新技術企業認定管理工作指引》，在通知中明確：原《高新技術企業認定管理工作指引》（國科發火〔2008〕362號）、《關于高新技術企業更名和復審等有關事項的通知》（國科火字〔2011〕123號）同時廢止。《高新技術企業認定管理辦法》（國科發火〔2016〕32號）第九條：通過認定的高新技術企業，其資格自頒發證書之日起有效期為三年。2016年以后申請的高新技術企業有效期為三年，在三年內滿足高新技術企業申報要求可享受稅收優惠，應每年5月底前在“高新技術企業認定管理工作網”填報上一年度知識產權、科技人員、研發費用、經營收入等年度發展情況報表。
2、財政部門加強了對審計中介機構的審核力度
《高新技術企業認定管理工作指引》（國科發火〔2016〕195號）中明確規定：中介機構要具備獨立執業資格，成立三年以上，近三年內無不良記錄；承擔認定工作當年的注冊會計師或稅務師人數占職工全年月平均人數的比例不低于30%，全年月平均在職職工人數在20人以上。
該項審核工作由各地區的財政部門負責，財政部門在審核過程中各地區要求也不盡相同，例如部分地區需要提供中介機構當年的社保清單，退休注冊會計師提供退休證書，審核嚴格的地方還需要進入國家注冊會計師網站系統進行數據審核，并提供注協開具的事務所無違章情況說明，但因江蘇省注冊會計師協會發布文件（蘇會協[2016]11號）明確規定：申請開具有關事務所和個人的懲處情況、收入情況、人員情況等證明時，省市注冊會計師協會原則上不再出具相關證明。
3、稅務部門加強對企業財務核算和加計扣除審核情況
2015年11月2日，財政部、國家稅務總局、科學技術部聯合發出《關于完善研究開發費用稅前加計扣除政策的通知》（財稅〔2015〕119號）要求企業應按照國家財務會計制度要求，對研發支出進行會計處理；同時，對享受加計扣除的研發費用在研發項目立項時應設置研發支出輔助賬，準確歸集核算當年可加計扣除的各項研發費用實際發生額，研發支出輔助賬由企業留存備查。《高新技術企業認定管理工作指引》（國科發火〔2016〕195號）中明確規定：企業應按照“企業年度研究開發費用結構明細表”設置高新技術企業認定專用研究開發費用輔助核算賬目，提供相關憑證及明細表，并按本《工作指引》要求進行核算。在此項規定要求企業財務核算清晰，要求有憑有據，并在稅務部門檢查時，重點檢查企業研發費用加計扣除情況，部門企業因準備倉促，申報當年再去規劃調整研發項目和經費，造成部分年份未能進行加計扣除，此項稅務都要求做出合理解釋。
稅務部門不光要求研發費用賬內核算規范，還需要企業提供輔助核算明細賬作為檢查依據，還包括研發費用是否達到比例要求、科技人員占比、高新技術產品（技術服務）收入確認等項目審核。
4、企業知識產權情況
高新技術企業將知識產權進行了分類打分，將發明專利、植物新品種、農作物品種、新藥、中藥保護品種、集成電路等劃為Ⅰ類；實用新型、外觀設計、軟件著作權等（不含商標）劃為Ⅱ類，且Ⅱ類知識產權僅限使用一次。在知識產權評分中Ⅰ類分數占比較大，還考察專利技術的先進性，對主要產品（服務）在技術上發揮核心支持作用，數量，獲得方式。
5、企業科技成果轉化情況
新的工作指引對科技成果轉化形式做了新的要求，不再是以前光看數量就能拿分，成果轉化形式包括：自行投資轉化；轉讓技術成果；許可使用科技成果；共同實施轉化；作價投資、折算股份或者出資比例等形式。
企業要通過編制成果轉化匯總表及成果逐項說明將企業科技成果展現在技術專家面前，在此項過程中一定要將成果的核心描寫出來，還要將成果與產品的關聯性描述清楚。
6、企業研發組織管理水平情況
新的工作指引將研發組織管理更加精細化，強調實質大于形式，以多種激勵方式促進企業研發管理規范。
（1）制定了企業研究開發的組織管理制度，建立了研發投入核算體系，編制了研發費用輔助賬；
（2）設立了內部科學技術研究開發機構并具備相應的科研條件，與國內外研究開發機構開展多種形式產學研合作；
（3）建立了科技成果轉化的組織實施與激勵獎勵制度，建立開放式的創新創業平臺；
（4）建立了科技人員的培養進修、職工技能培訓、優秀人才引進，以及人才績效評價獎勵制度。
7、企業財務增長情況
新的工作指引要求在評審中加入財務專家，主要對企業凈資產增長率、銷售收入增長率進行綜合評價，但在高企申報書中明確填列近三年企業利潤總額，在評審過程中，企業是否盈利也會成為評審的一個關鍵點，另外財務數據是否與企業納稅一致，該項變化極大影響了企業的評分。
來源：高新技術企業認定資訊
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